A estrutura gerencial do CTE está apresentada no organograma abaixo. No primeiro nível está o Conselho Administrativo, constituído por três cadeiras da UFMG e duas cadeiras do Governo do Estado de Minas Gerais. No segundo nível está a direção, ocupado por um professor da EEFFTO. No nível inferior está a Secretaria Geral e a Infraestrutura, compostos por servidores do quadro efetivo da UFMG. Nesse mesmo nível está a Assessoria de Comunicação.
Também diretamente subordinados à Direção estão os coordenadores dos esportes olímpico, contemplando as modalidades de atletismo, taekwondo, natação e triatlo; paralímpico, contemplando as modalidades de atletismo, natação, parataekwondo e halterofilismo; técnico-científico, contemplando as áreas de fisioterapia, nutrição, psicologia, medicina, fisiologia e biomecânica do esporte e enfermagem. Todos os coordenadores e supervisores são professores da EEFFTO.
Os projetos desenvolvidos no CTE estão subordinados à estrutura apresentada.
